معرفی مرکز از سال 1382 محققین علاقمند به انجام تحقیقات بنیادی و کاربردی در زمینه بیماری های خود ایمنی هسته اولیه تشکیل مرکز تحقیقات خودایمنی را بنیان گذاری نمودند. در این هسته همکاران علوم پایه از رشته هایی چون ایمنی شناسی و بیوشیمی از یکسو و همکاران بالینی از رشته هائی چون روماتولوژی و نورولوژی از سوی دیگر نقش کلیدی و اساسی را دارا بوده اند. همکاران مذکور با تشکیل جلسات منظم هفتگی، از یک طرف دلائل نیاز به تشکیل قانونمند یک مرکز تحقیقات خودایمن را بررسی و از طرف دیگر همکاری های اولیه خود را در غالب طرحهای تحقیقاتی مشترک و پایان نامه های دانشجوئی آغاز نمودند. نتیجه برگزاری این نشستها از یکسو مشخص شدن نیاز کشور به ایجاد یک مرکز تحقیقات خودایمن به منظور مطالعه هدفدار و ارگانیزه بر روی اپیدمیولوژی، اتیولوژی، بهبود روشهای تشخیصی و درمانی و راه اندازی روشهای مناسب پیشگیری از بروز بیماری های خودایمنی و از سوی دیگر اجراء و اتمام بیش از ده طرح تحقیقاتی مشترک و چاپ و submit نمودن چندین مقاله علمی در سطح ژونالهای بین المللی بوده است. به علاوه نسبت به تشکیل بانک اطلاعات بیماران مبتلا به SLE, RA و MS نیز اقدام شده و نمونه های بیولوژیک این بیماران نیز تهیه و نگهداری شده است. پر واضح است که شکل گیری قانونمند مرکز تحقیقات خودایمنی به روند رو به رشد فعالیت های موجود کمک اساسی نموده و امکان گسترش فعالیـت ها و جذب سایر پژوهشگران علاقمند را نیز فراهم خواهد نمود. مدارک مربوط به هیت علمی موسس مرکز در سال 1385 به تایید معاونت محترم تحقیقات و فن آوری وزارت مطبوع رسیدو موضوع در جلسه مورخ 18/9/85 کمسیون شورای گسترش وزارت مطبوع مطرح و پس از بررسی مدارک اعضاء هیئت علمی معرفی شده به تاسیس مرکز تحقیقات خود ایمنی موافقت اصولی بعمل آمد. همچنین درجلسه مورخ 10/8/88 شورای کسترش دانشگاههای علوم پزشکی مرکز با تاسیس مرکز تحقیقات بیماریهای خود ایمنی موافقت قطعی بعمل آمد.